Das Schnittpräparat ist jetzt trocken und bereit zum Färben. Dabei werden mit verschiedenen Farbstoffen und Farbgemischen die Zellbestandteile in teilweise sehr komplexen Abläufen unterschiedlich angefärbt, so dass Zellformen und Kernstrukturen am Mikroskop beurteilbar werden. Die häufigsten Routinefärbungen werden in computergesteuerten Färbeautomaten angefertigt.
Für die Färbung muss vorgängig das Paraffin entfernt und das Zellmaterial wieder rehydriert werden.
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Nach dem Färbeprozess muss das auf Glas aufgezogene Schnittpräparat aus optischen Gründen und zum Schutz der Färbung mit Klebstoff und einem dünnen Deckglas luftfrei eingedeckt werden. Nach der Trocknung des Klebstoffes sind die Hautquerschnitte in unserem Beispiel bereit zur mikroskopischen Beurteilung.
